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Los Hombres de Negro tienen como funcion confundir o amedrentar a investigadores y testigos de OVNIs y visitantes extraterrestres, ademas de confiscar supuestas evidencias de presencia alienigena, con el proposito de preservar del conocimiento publico las visitas de extraterrestres a nuestro planeta.
Esta vez la historia comenzara en la actualidad para pasar despues al año 1969, con Will Smith como el Agente J viajando en el tiempo para conocer a un joven Agente K (Tommy Lee Jones, que en 1969 sera rejuvenecido por Josh Brolin).